水族箱亦可就水溫分為兩種：熱帶及溫帶水族箱。大部分魚類及植物只能生存于有限的水溫范圍。熱帶或溫帶水族箱較為常見，平均溫度為攝氏25度(華氏78度)，而熱帶魚是最受歡迎的水族生物。
溫帶水族箱的水溫較熱帶水族箱為低，有一部分的魚類較為適合棲息于較冷的環(huán)境。水的流動對于模擬天然生態(tài)系統(tǒng)亦為重要。水族人士會根據(jù)水族生物的需要，選擇靜止或有水流的水族箱。水溫可用加熱器(或冷卻器，但較為少用)配合溫度計以調(diào)節(jié)水溫;水流則以潛水泵調(diào)節(jié)，或謹(jǐn)慎地設(shè)計水的內(nèi)部流向(例如調(diào)整過濾器入水及出水位置)。
